Irigasi sebagai penunjang lahan sawah produktif di Kabupaten Bantul perlu diteliti kondisi kinerjanya untuk mengetahui apakah kegiatan pengelolaan irigasi yang selama ini dilaksanakan telah berhasil dan berfungsi dengan baik. Penelitian ini bertujuan utuk mengukur kinerja sistem irigasi tersier dengan Indeks Kinerja Sistem Irigasi (IKSI) serta membandingkan dan mengelompokkan hasilnya dengan Fuzzy Set Theory. Sampel adalah 5 P3A DI Merdiko (P3A Budi luhur, P3A Tirto Rahayu 1, P3A Tirto Rahayu 3, P3A Subur 1, dan P3A Nototirto) yang dinilai dari aspek prasarana fisik, produktivitas tanaman, kondisi operasi dan pemeliharaan, pengelola pembagi air, dokumentasi, dan P3A. Hasil analisis dengan IKSI menunjukkan kinerja sistem irigasi tersier yang ada di 5 P3A di DI Merdiko baik sampai sangat baik. Hasil penilaian dengan IKSI memberikan hasil nilai kinerja dari yang tertinggi P3A Tirto Rahayu 1, P3A Budi Luhur, P3A Tirto Rahayu 3, P3A Subur 1, dan P3A Nototirto berturut-turut yaitu 81,03 %,79,45 % , 77,74 %, 73,22 %, dan 70,23 %. Hasil analisis dengan Fuzzy Set Theory menunjukkan hasil peringkat P3A sama dengan penilaian absolut menggunakan IKSI. Hasil pengelompokan menunjukan dua kelompok P3A yaitu kelompok P3A di Saluran Merdiko Kanan (P3A Budi Luhur, P3A Tirto Rahayu 1, and P3A Tirto Rahayu 3) dan kelompok P3A di Saluran Merdiko Kiri (P3A Subur 1 and P3A Nototirto).